Thomas Dekker (Rabobank) a remporté une 5e étape amputée de 80 km en raison d'un orage de grêle. Vladimir Efimkin est le nouveau leader.
Six kilomètres seulement après leur départ de Giubiasco (canton du Tessin) des grêlons de la grosseur d'une balle de golf se sont abattus sur le peloton tandis que la route était couverte de plusieurs centimètres d'eau. Les coureurs se sont alors abrités où ils ont pu. Après plusieurs minutes de discussion, Armin Meier, le directeur de la course, a décidé qu'un nouveau départ serait donné à Ulrichen dans le Haut-Valais, réduisant l'étape de moitié (de 190 à 95 km) et escamotant le col du Nufenen, toit du Tour de Suisse avec ses 2.479 mètres.
La course, qui a affronté un fort vent de face, s'est finalement résumée à une course de côte dans la dernière montée vers Crans-Montana (11,3 km pour881 mètres de dénivelé). Le Luxembourgeois Franck Schleck a été distancé à 4 km de l'arrivée malgré le soutien de son coéquipier Carlos Sastre. Il a lâché 1:20 au vainqueur-surprise, Thomas Dekker. Celui-ci n'a placé qu'un démarrage tout au long de la montée mais ce fut le bon.
Sa victoire a un goût amer pour Damiano Cunego, Gilberto Simoni et Jose Angel Gomez Marchante, qui ont attaqué à plusieurs reprises. Le Russe Vladimir Efimkin (Caisse d'Epargne) endosse le maillot jaune qui était conservé depuis deux étapes par le Luxembourgeois Frank Schleck. La 7e étape conduira les coureurs en 125,7 km de Ulrichen au sommet du col du Grimsel (2.164 m) avec les ascensions des cols de la Furka (2.436 m, au 22e km) et du Susten (2.215 m, au 64e km).
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